Rolę Dowgirda miał zagrać Stanisław Jasiukiewicz, ale uniemożliwiła mu to choroba.
W scenie wjazdu dragonów do klasztoru widać na piasku ślady opon, prawdopodobnie pozostawione przez pojazd, na którym ustawiono kamerę.
W rzeczywistości odcinki serialu nie posiadają żadnych tytułów, nadała je Telewizja Polska.
Zdjęcia do serialu realizowano w Baranowie Sandomierskim, Tyńcu, Krakowie, Rytwianach, Lublinie, Rudnie, Kielcach, Olsztynie (powiat częstochowski oraz okolicach Aleksandrowa Łódzkiego, Augustowa i wsi Płaska) (Polska).
Serial kręcono od marca 1972 roku do maja 1973 roku.
Autorstwo scenariusza serialu nie jest oczywiste, niektóre źródła twierdzą, że prawdziwym autorem "Czarnych chmur" był Ludwik Kalkstein-Stoliński, agent Gestapo, denuncjator generała "Grota" Roweckiego, w latach 1953-1965 odsiadujący wyrok za współpracę z gestapo. Według tych źródeł Guziński i Pietruski podpisali scenariusz swoimi nazwiskami, gdyż nazwisko Kalksteina z oczywistych względów nie mogło się znaleźć w napisach serialu.